Federico "El Pocho" Insúa se inició en las categorías infantiles del Club Parque y debutó en la primera división el 18 de noviembre de 1997 vistiendo la camiseta de Argentinos Juniors.
Su técnica despertó el interés de los equipos más importantes del país, siendo Independiente el que logró su pase en 2002.
En Independiente jugó en dos etapas: la primera en la temporada 2002-2003 y la más reciente en 2004-2005. En medio tuvo un fugaz paso por el Málaga español con 3 goles en 33 apariciones. Su participación en el equipo Rojo fue importante para la obtención del Torneo Apertura 2002, conformando un gran equipo.
A mediadios de 2005 Insúa pasó a Boca Juniors en una operación que levantó mucha polémica. En el club de la Ribera superó la desconfianza inicial del público y se afianzó como titular. En su única temporada en Boca logró: la Recopa, el Torneo Apertura, Copa Sudamericana y el Torneo Clausura.
En julio de 2006 el club decidió negociar su pase al Borussia Mönchengladbach. En un principio Insúa resistió el pase pero finalmente viajó a Alemania para integrarse a su nuevo equipo, debutando el 12 de agosto de 2006 en la Bundesliga. Por el pase de Insúa Boca Juniors recibió 6 millones de dólares, según cifras oficiales.
El 21 de junio de 2007 el argentino fue fichado por 6.5 millones de dólares por el América de México.
El 3 de enero de 2008, el día de su cumpleaños número 28, sufrió la fractura del ligamento cruzado anterior de la rodilla izquierda, que lo tuvo alejado de las canchas 7 meses.
Se reincorporó a las canchas el 27 de julio del 2008, se presentaba un nuevo chance para jugar en el club de sus amores, y lo hace en contra de Santos y logrando la victoria para su equipo por 3-2 el primer gol obra de Pocho y el segundo fue pase del mismo Insúa. Afirmó que regresará a través de buen juego con las Águilas del América a la selección Argentina, posteriormente cambió de aires a Aguascalientes para jugar con Necaxa en el 2009. Luego del descenso de el Necaxa, volvió al América y le inició un demanda en la FIFA por falta de pago.
Afirmó que en la próxima temporada desea jugar en Boca Juniors de nuevo. Los clubes están de acuerdo, y la operación se terminó de realizar el 17 de julio de 2009, en un prestamo por 1 año, cumpliendo su deseo de volver a vestir la camiseta Xeneize.
