Como delantero debutó oficialmente en el Club Sportivo Miramar Misiones de Uruguay. En enero de 2007 pasa a Defensor Sporting Club del mismo país, con el cual, además del campeonato local, disputó la Copa Libertadores de América y la Copa Sudamericana de ese año. 
Ha integrado la selección uruguaya en varias ocasiones, tanto en partidos amistosos, así como también en las eliminatorias para la Copa del Mundo. 
En agosto de 2008 es cedido al Club Atlético Banfield de la primera division de Argentina por un año con opción de compra. Arrancado el Apertura 2009 en la Argentina, "el petiso", se logró asentar como titular de la mano de de Julio César Falcioni y compartiendo la delantera con su compatriota uruguayo, Santiago Silva.
En la segunda mitad del año 2009 luego de convertirle un gol a River Plate jugando para Banfield, Sebastián Fernández fue convocado por Oscar Washington Tabáreza la seleccion uruguaya para disputar los partidos contra Perú y Colombia.
Ha integrado la selección uruguaya en varias ocasiones, tanto en partidos amistosos, así como también en las eliminatorias para la Copa del Mundo. En agosto de 2008 es cedido al Club Atlético Banfield de la primera division de Argentina por un año con opción de compra. Arrancado el Apertura 2009 en la Argentina, "el petiso", se logró asentar como titular de la mano de de Julio César Falcioni y compartiendo la delantera con su compatriota uruguayo, Santiago Silva.
En la segunda mitad del año 2009 luego de convertirle un gol a River Plate jugando para Banfield, Sebastián Fernández fue convocado por Oscar Washington Tabáreza la seleccion uruguaya para disputar los partidos contra Perú y Colombia.
Con su nuevo club disputó tanto el campeonato local como la Copa Libertadores 2004 donde fueron eliminados por River Plate en octavos de final en una localista y bochornosa definición por penales. 
